Io ho una 2001, con tutti i suoi difetti originali da prima versione...
Ha 40000km ed è irregolare, "sbatte", se si procede stando intorno ai 2000giri. Non so se possa trattarsi di un fenomeno identico al tuo.
Con l'abitudine, mi basta tenerla appena sopra o sotto e smette.
Il mio meccanico Yamaha di Grottammare, dice che non è eliminabile e che corpi, iniettori e candele risultano in ordine, quindi trattasi di un piccolo difetto di regolazione insito nella centralina.
Da qualche parte nel web, ho letto che con le centraline aggiuntive il problema si risolve, ma non ritengo, per me, che ne valga la pena.